Внешняя политика Эхнатона привела к катастрофе. Первые фараоны XVIII династии понимали, что миролюбие приведет Египет к гибели, так как народы Азии мыслят лишь о войне и завоеваниях. В царствование Эхнатона рухнула великая египетская империя. Окончился самый славный период истории Нового царства. Но почему бездействовал Эхнатон? Считается, что те сообщения, которые он получал, были неполны, искажены, иногда лживы. Так или иначе Атон, который был призван заменить могущественного Амона-Ра, стал для египтян символом ослабления их государства. Бог, которого он предпочел, отнял у народа мужество и предал военное призвание великих фараонов XVIII династии.

Конец царствования Эхнатона до сих пор окутан тайной. На этот счет существует множество теорий. Может быть, царь, погрузившись в апатию, оказался не в состоянии контролировать события, или он впал в безумие, видя, как рушится его мечта, или отказывался понимать всю серьезность положения. Эхнатон и Нефертити не смогли оставить Египту наследника-правителя. У них рождались только дочери.

Согласно обычаю, фараон взял соправителя. Будущего преемника фараона звали Семнехкара, и поступки его трудно истолковать. Некоторые считают, что он одним из первых отрекся от Атона, покинул Амарну и вернулся в Фивы. Из надписи в одной фиванской гробнице мы действительно узнаем, что царь Семнехкара воздвиг храм в честь Амона. Тем не менее он пользовался полным доверием Эхнатона. Перед коронацией соправителя во дворце Ахетатона царь отдал ему в жены одну из своих дочерей.

Последняя известная дата царствования Эхнатона — семнадцатый год его правления. О смерти царя ничего не известно. Вероятно, он не был погребен в семейной усыпальнице. Может быть, приближенные царя спрятали тело в какой-нибудь гробнице.

Легенды утверждают, что его тело было растерзано и брошено собакам или сожжено. В правление Аменхотепа IV (Эхнатона) Египту довелось пережить странные события.